Die Schüssler Salze zählen zwar zur homöopathischen Arznei (auch sie werden potenziert angewendet), grenzen sich jedoch deutlich von der klassischen Homöopathie ab. Bei der Klassischen Homöopathie gilt das Ähnlichkeitsprinzip, während die Biochemie Salze verwendet, die dem Stoffwechsel homogen sind und zum Zweck des Ausgleichs eines Mangels angewendet werden. Dr. Wilhelm Schüssler ging davon aus, dass durch einen Mangel an Mineralstoffen Krankheiten entstehen, die durch deren Zufuhr wieder geheilt werden können.